1640 fiel die Herrschaft Pinneberg an den dänischen König Christian IV. als Herzog von Holstein. Innerhalb des dänischen Gesamtstaates behielt die Herrschaft Pinneberg immer eine Sonderstellung. Der hiesige Oberbeamte des Königs war der Landdrost.
Nach Aufdeckung schwerer Verwaltungsmängel bestimmte der König 1705, dass Landdrost und Amtsverwalter ihren Sitz in Pinneberg zu nehmen hätten. Die Stärkung der Verwaltungstätigkeit und die Zerstörung des Schlosses führten zur Entstehung des Ortes Pinneberg auf den Schlossländereien Rübekamp und Fahltskamp.
Erst die um 1790 durchgeführte Landreform brachte den Verkauf der Grundstücke an die Einwohner. Die Gewährung der „Fleckensgerechtigkeit“ im Jahre 1826 klärte die offenen Fragen bezüglich der Gewerberechte.
Der Anschluss an die Altona-Kieler Eisenbahn 1844 legte den Grundstein für das Aufblühen des Ortes. Nach der Niederschlagung der Schleswig-Holsteinischen Erhebung stieg die Einwohnerzahl ab etwa 1852 durch die Ansiedlung früher Industrien. Wachsender Nationalismus führte zum Bruch alter Abmachungen und zum Einmarsch der Truppen des Deutschen Bundes am 24.12.1863.